环境保护税的应纳税额计算方法根据《中华人民共和国环境保护税法》第十一条的规定如下：
1、应税大气污染物和水污染物的应纳税额是污染当量数乘以具体适用税额。污染当量数计算方式为该污染物的排放量除以该污染物的污染当量值。
2、应税固体废物的应纳税额是固体废物排放量乘以适用税额。
3、应税噪声的应纳税额是超过国家规定标准的分贝数对应的具体适用税额。
环保税的计算方法还包括以下几种情况：
纳税人安装使用符合国家规定和监测规范的污染物自动监测设备的，按照污染物自动监测数据计算。
纳税人未安装使用污染物自动监测设备的，按照监测机构出具的符合国家有关规定和监测规范的监测数据计算。
对于因排放污染物种类多等原因不具备监测条件的排污单位，适用生态环境部发布的相关规定的排污系数、物料衡算方法计算。
不能按照上述方法计算的，按照省、自治区、直辖市人民政府环境保护主管部门规定的抽样测算的方法核定计算。
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